Trò chơi tập trung vào nhân vật chính là viên Trung úy Mike Wired, người bị bắt trong một cuộc không chiến dữ dội suốt Thế chiến II. Không còn nơi nào để đi, Mike dường như cam chịu cho đến khi anh đột nhiên dịch chuyển vào bầu trời trong 3.000.000s, rồi phải đối mặt trước hiểm họa khôn lường từ những dã thú biết bay thời tiền sử.

Khi anh hạ cánh vào đất liền, anh trông thấy nhiều con khủng long hơn và phải luôn sẵn sàng giáp chiến với chúng bằng bất cứ vũ khí nào mà anh có thể nhặt được. Bất chợt anh thoáng nghe thấy một giọng nói cất lên từ máy bộ đàm bảo anh nên tìm kiếm một cô gái tên là Paula. Khi anh tìm thấy Paula, cô chỉ đơn giản nói một từ "Trinity" trước bầy khủng long đang xuất hiện. Trinity thực sự là một con khủng long (chính xác hơn là Troodon) với thông tin tình báo quan trọng cho biết nó có thể gửi những con khủng long khác tới tấn công người chơi, giống như trong các trận đấu trùm.

Cuối cùng, Mike nhìn thấy Paula bị mắc kẹt trong một khe núi và có thể ra tay cứu giúp cô. Sau khi họ trốn thoát trong một chiếc xe jeep băng qua một thành phố bỏ hoang, tại đây đã tiết lộ rằng người đàn ông nói chuyện với Mike là Dylan Morton từ Dino Crisis 2 và ông cũng chính là cha của Paula.

Sau khi cuộc chiến kết thúc, Mike được trở lại thời kỳ của riêng mình trong cùng chiếc chiến đấu cơ của anh vào lúc đầu game. Một chiếc máy bay đối thủ đã bắn hạ anh, trong khi anh nhảy dù ra, viên đạn được chiếu sắp bắn trúng Mike ngay trước khi Paula dịch chuyển những viên đạn ở nơi khác. Trò chơi kết thúc với cảnh Mike được một chiếc thuyền đi qua cứu vớt lên.